Mons. Marcos Pavan è nato a San Paolo del Brasile, dove ha compiuto gli studi musicali specializandosi in tecnica vocale con Leila Farah (San Paolo) e Franco Iglesias (New York) e in canto gregoriano con Leonor F. Dewey (San Paolo) e Eugène Cardine (Solesmes, Francia). Ha conseguito il Fellowship Diploma in Direzione Corale presso il National College of Music and Arts di Londra. In Brasile è stato cantante lirico e direttore di diverse formazioni corali, con al suo attivo molte registrazioni radiofoniche e televisive.

Trasferitosi in Italia nel 1991, ha continuato la sua attività artistica partecipando come solista a produzioni liriche e di musica sacra registrate dalla Rai e dalle case discografiche San Paolo Multimedia, Paulus, Bongiovanni e Sony.

Nel 1993 ha iniziato a collaborare come cantore liturgico con l’Ufficio delle Celebrazioni del Sommo Pontefice. Ordinato presbitero nel 1996, nel 1998 è stato nominato Maestro dei Pueri Cantores della Cappella Musicale Pontificia; in questa veste ha partecipato alle registrazioni che il Coro Pontificio ha realizzato per le case discografiche Paulus e Deutsche Grammophone.

Nel 2020 Papa Francesco lo ha nominato Maestro Direttore della Cappella Musicale Pontificia.